수도고속도로의 통행료는 차량 구분 및 지불 방법에 따라 다릅니다. 톨게이트 차선은 지불 방법에 따라 나누어 집니다.
ETC는 톨게이트에서 멈추지 않고 통행료를 지불하는 시스템인 전자 요금 징수 시스템(Electronic Toll Collection System)의 약자입니다. 자세한 내용은 "ETC 사용법"을 참조하십시오.
ETC 장착 차량의 기본 통행료는 유료 거리 0.1km당 10엔입니다. 또한, 통행료의 최고 금액 및 최저 금액이 정해져 있습니다(과감한 완화 조치의 일부). 표준형 차량의 통행료 금액은 최고 1,950엔이고, 최저 300엔입니다.
통행료 정산기로 지불할 때는 이용자가 직접 기계를 조작해야 합니다. 통행료 정산기는 수도고속도로의 일부 톨게이트에 설치되어 있습니다.