首都高速公路的通行費金額依車種分類與付款方式而改變。此外，收費站依付款方法區分可通行的收費站的車道。
首都高速公路可通行的車道依付款方式而改變。誤入車道時將造成事故或塞車，請事先進行確認，使用正確車道。
現金：只收日幣
信用卡：您可以使用下列的信用卡支付通行費（無須簽名）。
ETC：必須裝設 ETC 車內設備及 ETC 卡才能使用 ETC。（ETC 指南）
ETC無線通行專用車道。通行費會在通過柵欄時自動收取。
這是共用車道。此車道接受 ETC、現金或信用卡支付。
此車道僅接受現金或信用卡支付。
ETC為Electronic Toll Collection System的縮寫，意指經過收費站不須停車即可繳納通行費的系統。詳情請瀏覽「ETC指南」。
ETC車的基本費用，以每0.1公里的收費距離收取10日圓的費率計算。此外為緩和制度變動造成的影響，設有費用上限與下限，以普通車為例，費用上限為1,950日圓，下限為300日圓。
連續使用乃指在通過進入首都高速公路第一個收費站（下稱「首次進入收費站」）後，未曾離開首都高速公路，即再次通過其他收費站時的通行方法。在首都高速公路上，可能會遇到通過入口閘道收費站後，再次通過主線收費站與出口收費站（下稱「連續使用對象收費站」）的情況。此時可出示在入口閘道收費站取得的收據，免費通過此類收費站。連續使用對象收費站，如表中所示。曾經離開首都高速公路或未出示收據時，不視為連續使用。
| 連續使用對象收費站 | 對象車輛 | |
|---|---|---|
 高速5號池袋線 |
志村本線 | 來自埼玉方面的車輛 |
 高速埼玉大宮線 |
浦和南本線 | 來自東京方面的車輛 |
| 高速埼玉大宮線 |
浦和南（下行）出口 | |
 高速神奈川1號橫羽線 |
大師本線 | 來自東京方面的車輛 |
| 高速神奈川1號橫羽線 |
大師（下行）出口 | |
請在首次進入收費站領取收據，並妥善保管避免遺失。要連續使用時，必須在連續使用對象收費站向收費站員出示收據。
請在連續使用對象收費站向收費站員出示收據。出示收據即可免費通行，無須再次繳費。未出示收據或曾經離開首都高速公路時，不視為連續使用，必須再次繳納通行費。
在連續使用對象收費站，可出示收據免費通行。
離開首都高速公路後，再次通過連續使用對象收費站時，將視為首次進入，無法以收據連續使用（須繳納通行費）。
收費機為讓使用者自行操作繳納通行費的機器。首都高速公路的部分收費站設置收費機。
| 路線名稱 | 收費站名稱 |
|---|---|
 高速都心環狀線 |
銀座（上行） |
 高速1號羽田線 |
平和島（下行） |
| 鈴森（上行） | |
 高速4號新宿線 |
永福（上行） |
| 外苑（上行） | |
| 外苑（下行） | |
| 高速5號池袋線 |
北池袋（上行） |
| 飯田橋（下行） | |
| 西神田（上行） | |
 高速9號深川線 |
鹽濱 |
 高速10號晴美線 |
豐州 |
 高速中央環狀線 |
西池袋（上行） |
| 中野長者橋（下行） | |
| 高速神奈川1號橫羽線 |
大師（上行） |
| 子安（下行） | |
| 東神奈川（上行） | |
| 東神奈川（下行） | |
| 港未來（下行） | |
 高速灣岸線 |
杉田（東行） |
設置收費機的車道為「一般車道」或「ETC／一般混合車道」。
*無法併用現金與ETC卡片繳費。
*若要使用信用卡付款，請按「需要協助」按鈕請收費員協助。
| 路線名稱 | 收費站名稱 |
|---|---|
| 高速5號池袋線 |
志村本線 |
| 高速埼玉大宮線 |
浦和南本線、浦和南出口 |
| 高速神奈川1號橫羽線 |
大師本線、大師（下行）出口 |
在從出發地點A前往目的地D的途中，因事故等因素停止通行，必須由本公司指定的地點B離開首都高速公路，改走一般道路改道首都高速公路的禁止通行路段，從地點C再次進入首都高速公路前往到目的地點D時，此部分的通行次數將被視為單次通行，從地點C再次進入時，不會收取通行費。請於改道道路尾端C收費站的「一般車道」或「ETC／一般車道」，告知收費員改道一事。
使用東京高速公路 (D8)時，請於轉乘所的「現金車道」或「ETC／一般車道」領取轉乘券，並在通過轉乘目的地的首都高速公路收費站時，於「一般車道」或「ETC／一般車道」將轉乘券交給收費員。