首都高速的通行费用根据车辆类别和支付方式而有所不同。收费站也为不同的支付方式设有不同的收费站车道。
首都高速中，支付方式不同可通行的车道也不同。错误进入会引发事故和拥堵，因此请提前确认，使用正确的车道。
现金：仅限日元。
信用卡：可以使用下列信用卡支付通行费（无需签名）。
ETC：ETC 车内设备和 ETC 卡是使用 ETC 所必需的。（ETC 指南）
ETC无线通行专用车道。通行费用在经过缴费口时自动结算。
这是共用车道。支持使用任一 ETC、现金或信用卡付费的车道。
支持使用现金或信用卡付费的车道。
ETC是Electronic Toll Collection System的缩写，是一种无需在收费站停车即可缴纳费用的系统。详情请参考 “ETC指南”。
ETC车辆的基本费用为每0.1km(收费里程)收取10日元。此外，作为激变缓和措施，设有最高费用和最低费用，普通汽车的最高费用为1,950日元，最低费用为300日元。
一票制通行是指驶入首都高速经过首个收费站（下称“首个收费站”）后，不驶离首都高速而再次经过收费站时的通行方法。首都高速上，在经过首个收费站后，可能会再次经过干道收费站或出口收费站（下称“一票制收费站”）。此时，只需出示在首个收费站领取的收据即可继续通行，无需再次缴费。一票制收费站如表所示。一旦驶离首都高速或无法出示收据时，将无法按一票制继续通行。
| 一票制收费站 | 适用情况 | |
|---|---|---|
 高速5号池袋线 |
志村干道 | 琦玉方向来车 |
 高速琦玉大宫线 |
浦和南干道 | 东京方向来车 |
| 高速琦玉大宫线 |
浦和南（下行）出口 | |
 高速神奈川1号横羽线 |
大师干道 | 东京方向来车 |
| 高速神奈川1号横羽线 |
大师（下行）出口 | |
在首个收费站领取收据后，请妥善保存。一票制通行时，需要向一票制收费站的工作人员出示收据。
请在一票制收费站向收费站工作人员出示收据。出示收据后，无需再次缴费即可继续通行。无法出示收据或一旦驶离首都高速后，将无法按一票制继续通行。需再次缴纳通行费用。
在一票制收费站出示收据后即可通行，无需再次缴费。
驶离首都高速后再度经过一票制收费站时，将被视为首次收费，无法凭收据按一票制通行（需要缴费）。
收费机是供顾客自行操作缴纳通行费用的机器。首都高速的部分收费站设有收费机。
| 路线 | 收费站名 |
|---|---|
 高速都心环状线 |
银座（上行） |
 高速1号羽田线 |
平和岛（下行） |
| 铃森（上行） | |
 高速4号新宿线 |
永福（上行） |
| 外苑（上行） | |
| 外苑（下行） | |
| 高速5号池袋线 |
北池袋（上行） |
| 饭田桥（下行） | |
| 西神田（上行） | |
 高速9号深川线 |
盐滨 |
 高速10号晴美线 |
丰州 |
 高速中央环状线 |
西池袋（上行） |
| 中野长者桥（下行） | |
| 高速神奈川1号横羽线 |
大师（上行） |
| 子安（下行） | |
| 东神奈川（上行） | |
| 东神奈川（下行） | |
| 港未来（下行） | |
 高速港湾线 |
杉田（东行） |
收费机设置在“普通车道”或“ETC/普通混合车道”内。
*缴费时不可同时使用现金和ETC卡。
*如果使用信用卡，请按“需要工作人员帮助”按钮，通知收费站人员。
| 路线 | 收费站名 |
|---|---|
| 高速5号池袋线 |
志村干道 |
| 高速琦玉大宫线 |
浦和南干道、浦和南出口 |
| 高速神奈川1号横羽线 |
大师干道、大师（下行）出口 |
在从起点A向目的地D行驶的途中，若遇到因交通事故等原因导致的停止通行，车辆在本公司指定的地点B驶离首都高速，经一般道路，绕过首都高速，之后在地点C再次驶入首都高速，前往目的地D时，本次通行视为1次通行，从地点C再次驶入高速时，无需缴费。在绕行道路上通过C收费站的“普通车道”或“ETC/普通车道”时，请向收费站工作人员说明情况。
使用东京高速公路(D8)时，在上匝道的“普通车道”或“ETC”领取通行票，并在经过下匝道的首都高速收费站时，在“普通车道”或“ETC”将通行票交给收费站工作人员。